plot(x = 1:10, y = (1:10)**2)Introducción a Quarto
para la docencia y la investigación
Instructores:
Este es un documento generado en Quarto
Presentación
Acerca de mí …
M.C. Abel Joseph Hernández-Martínez
Estudiante de Doctorado
Posgrado de Ciencias Forestales COLPOS, Campus MontecilloÁreas de interés:
- Silvicultura 🪵
- Manejo Forestal 🌲
- Silvicultura 🪵
Acerca de mí …
M.C. Ricardo Martínez-Moshan
Estudiante de Doctorado
Posgrado de Ciencias Forestales COLPOS, Campus MontecilloÁreas de interés:
- Biometría Forestal 🌳 + 📊
- Estadística Aplicada 📈
- Biometría Forestal 🌳 + 📊
¿Qué abordaremos en este curso? 💻
Estudiaremos qué es y cómo funciona Quarto ☺️
El uso de Quarto 📝
Generar nuestro primer documento Quarto 👩🏻💻
Elementos básicos de Markdown 📊
Establecer metadatos en el encabezado del YAML 💬
Una prueba rápida para generar un documento Quarto desde RStudio 📝
Descargar el material desde: https://github.com/JosephForest99/quarto_curso_TESVB_2025
Introducción a Quarto
¿Qué es Quarto?
Es un sistema de publicación científica y técnica de código abierto construido sobre Pandoc. En el cual se pueden crear documentos dinámicos, informes, presentaciones, libros, sitios web, entre otros.
A partir de un archivo de texto plano desarrollado con RStudio, VSCode, Positron o Jupiter y con las configuraciones necesarias la magia comienza.
Esta diseñado bajo el enfoque de reproducibilidad.
Ventajas de utilizar Quarto
En un solo documento puedes integrar texto narrativo con código y producir salidas en diferentes formatos.
Además, tiene la capacidad de trabajar con múltiples lenguajes de programación, principalmente con R, Python, Julia, Observable JS, entre otros.
Ejemplo
¿Cómo trabaja Quarto?
Quarto es una interface de línea de comando (CLI por sus siglás en inglés), el cual renderiza formato de texto plano (.qmd, .rmd, .md) o mezcla de formatos (.ipynb) en documentos PDF, Word, HTML, presentaciones y más…
El proceso del renderizado ….
En general, cuando se renderiza un documento Quarto, primero knitr ejecuta todos los chunks (bloques de código) y crea un nuevo documento markdown (.md), el cual incluye los códigos y sus salidas.
El .md generado después es procesado por pandoc y crea el formato final.
¿Qué puedes hacer con Quarto?
Tipos de proyectos
Un proyecto Quarto es un directorio que proporcionan:
Una forma de renderizar todos o algunos de los archivos en un directorio con un solo comando, por ejemplo
quarto render miproyecto.Una forma de compartir la configuración de YAML en varios documentos.
La capacidad de redirigir artefactos de salida a otro directorio.
La capacidad de congelar la salida renderizada (es decir, no volver a ejecutar documentos a menos que hayan cambiado).
Algunos ejemplos:
Websites
Blogs
Books
Iniciando con Quarto
Importante
Tener instalado R y RStudio.
Instalación de R:
https://cran.r-project.org/
Instalación de RStudio: https://posit.co/downloads/
Otros entornos de desarrollo integrado (IDE por sus siglas en inglés) pueden ser útiles para generar documentos Quarto, por ejemplo, Positron, Visual Studio Code o Notebooks de Jupiter.
Para instalar y configurar algún IDE mencionado anteriormente, ingrese aquí
Instalación de Quarto
Descargar Quarto desde https://quarto.org/docs/get-started/.
Desde RStudio generar un proyecto
Cada que se inicie con un nuevo trabajo de investigación, informe o tarea, se recomienda generar un proyecto de RStudio. Esto facilitará la organización de los documentos Quarto que se generen o los scrips que se desarrollen durante su análisis.
Continuación ….
Seleccionar el tipo de proyecto que se va a generar, en este caso seleccionar New Project.
Después asignar un nombre al proyecto en Directory name y seleccionar la ruta del directorio en Create project as subdictory of.
Primeros pasos para realizar un documento Quarto
Primer documento Quarto (.qmd)
Después de generar el proyecto de Rstudio ya se puede generar el primer archivo Quarto.
!Listo! …. ya tenemos nuestro primer documento Quarto
Renderizar el documento Quarto
Usa el botón en RStudio para renderizar el archivo y previzualiza la salida.
Componentes de un .qmd
Metadatos: YAML
Texto: Markdown
Código: Ejecutado vía
knitr
Elementos básicos de Markdown
Encabezados
Para mayor información sobre Markdown visitar la página:
https://quarto.org/docs/authoring/markdown-basics.html
Texto, ligas e imágenes
Formato de texto:
italicas, negritas, negritas_italicas
*italicas*, **negritas**, ***negritas_italicas***Links:
<https://quarto.org>[Quarto](https://quarto.org)Imagen:
Imagen con leyenda:
Tablas y ecuaciones
Tablas:
| Right | Left | Default | Center |
|---|---|---|---|
| 12 | 12 | 12 | 12 |
| 123 | 123 | 123 | 123 |
| 1 | 1 | 1 | 1 |
| Right | Left | Default | Center |
|------:|:-----|---------|:------:|
| 12 | 12 | 12 | 12 |
| 123 | 123 | 123 | 123 |
| 1 | 1 | 1 | 1 |Ecuaciones:
Ecuación en línea \(y=\beta_0\times(1-\exp(-x\beta_1))^{\beta_2}\)
Ecuación en línea $y=\beta_0\times(1-\exp(-x\beta_1))^{\beta_2}$Ecuación en bloque: \[y=\beta_0\times(1-\exp(-x\beta_1))^{\beta_2}\]
Ecuación en párrafo
$$y=\beta_0\times(1-\exp(-x\beta_1))^{\beta_2}$$Bloques callout
Los callouts son una forma excelente para captar la atención de conceptos clave o para una mayor claridad de cierto contenido, i.e. tip, note, warning, important y caution.
Este es un .callout-tip
Este es un .callout-warning
:::{.callout-tip}
Este es un tip
:::
:::{.callout-warning}
Este es un warning
Aprende más sobre callouts aquí.
Referencias cruzadas
Las referencias cruzadas facilitan al lector para navegar en el documento mediante referencias numeradas con hipervínculos, como figuras, tablas o ecuaciones.
Imagen:
Ver el bosque en la Figura 1.
{#fig-bosque}
Ver el bosque en la @fig-bosque.Opciones de referencias cruzadas
Generalmente para indicar una referencia cruzada se utilizan prefijos reservados seguidos de un - y un nombre sin espacios y _, i.e., (#prefijo-nombre). Para acceder a las referencias se utiliza @ seguido del prefijo-nombre.
- Una sección
# Exploratory data analysis {#sec-eda}- Figura
#| label: fig-grafica
#| fig-cap: "Gráfica de observaciones de diámetro vs altura"- Tablas
#| label: tbl-resumen
#| tbl-cap: "Resumen estadístico de mediciones"- Ecuaciones
$$ {#eq-mieq}- Callouts
:::{#tip-ejemplo .callout-tip}
:::Cuidado al establecer una referencias a un callout, revisa aquí.
Aprende más sobre referencias cruzadas en:
Citas y referencias bibliográficas
Para generar citas y una sección de bibliográfia en el documento Quarto, es necesario configurar el YAML. Además es importante contar con un archivo BibLaTex o BibTex con extensión .bib.
Para establecer el estilo de citas bibliográficas es importante contar con un archivo .cls (Citation Style Language), el cual se descarga en: https://github.com/citation-style-language/styles.
Quarto utiliza el estilo de Chicago Manual por default.
Cómo citar en Markdown
En un documento científico generalmente se utilizan dos estilos de citas:
Parentético: Al final de la oración o frase. Por ejemplo, … (Hernández-Martínez & Martínez-Moshan, 2025)
Narrativo: Se introduce con una frase. Por ejemplo, Hernández-Martínez & Martínez-Moshan (2025) mencionan que …
Para agregar una cita en Markdown:
Parentético: Los modelos de crecimiento en árboles … (Cieszewski 2001; Pienaar y Turnbull 1973)
Los modelos de crecimiento en árboles ... [@cieszewski2001three; @pienaar1973chapman]Narrativo: Cieszewski (2001) menciona que los modelos de crecimiento en árboles …
@cieszewski2001three menciona que los modelos de crecimiento en árboles ...Aprende más sobre citas aquí.
Integrar videos
Video de YT (solo para formato html)
{{< video https://www.youtube.com/watch?v=CpYG1rBCVwQ&list=PLRsQ05ooxHsHVX6oDFINE7hgwD7cInCY- width="500" height="300" >}} Publicación de LinkedIn
<iframe src="https://www.linkedin.com/embed/feed/update/urn:li:ugcPost:7355959904307687424?collapsed=1" height="300" width="500" frameborder="0" allowfullscreen="" title="Publicación integrada"></iframe>Si quieres aprender más sobre como agregar videos a tus documentos html de Quarto, visita la siguiente página: https://quarto.org/docs/authoring/videos.html
Configuración del YAML
Metadatos básicos del YAML
Yet Another Markup Language - YAML (‘YAML no es un lenguaje de marcado’), se utiliza para proporcionar los metadatos a nivel de documento y se mantiene entre ---.
Ejemplo con metadatos básicos:
---
title: "Mi primer documento Quarto"
subtitle: "Subtitulo"
author: "Nombre del autor"
format: html
---Ejemplo con metadatos anidados:
---
title: "Mi primer documento Quarto"
subtitle: "Subtitulo"
author: "Nombre del autor"
format:
html:
toc: true
---Tener cuidado cuando se ingresan metadatos anidados. ¡Las sangrías son importantes! ⚠️
De acuerdo con tus objetivos es como configurarás tu YAML. Si quieres aprender más sobre esto ingresa aquí
YAML de Quarto Inteligente
En RStudio + VSCode + Positron proporcionan un autocompletado con TAB al comenzar una palabra y nuevamente TAB para completar. También con Ctrl + space se pueden ver todas las opciones disponibles.
Algunos metadatos
Existe una diversidad de metadatos que son útiles para configurar el YAML. El uso de estos metadatos puede cumplir diferentes propósitos.
---
title: "Mi primer documento Quarto"
subtitle: "Subtítulo"
author:
- name: "Nombre del autor"
orcid: 0000-0000-0000-0000
email: "correo@gmial.com"
url: https://github.com
date: 11/13/2025
date-format: "dddd D MMMM YYYY"
format:
html:
theme: darkly
toc: true
toc-depth: 4
toc-location: left
toc-title: "Contenido"
toc-expand: 4
number-sections: true
number-depth: 4
code-fold: show
code-link: true
execute:
eval: true
echo: true
warning: false
error: false
lang: es
bibliography: bibliografia.bib
csl: apa.csl
editor: source
---Establecer un tema para formato HTML
Los documentos HTML redenrizados con Quarto utiliza Bootstrap 5 por default. Sin embargo, esto se puede desactivar o personalizar a través de la opción theme dentro del YAML. Consulta los detalles aquí
theme: default # bootstrap 5 default
theme: cosmo # tema cosmo bootswatch
theme: pandoc # tratamiento html predeterminado de pandoc
theme: none # Ningún theme css integrado al documentoQuarto incluye 25 temas del proyecto Bootswatch y pueden visualizarse en la siguiente liga: https://bootswatch.com/.
Quarto en formato en PDF
Para crear documentos PDF’s, es necesario instalar una distribución reciente de LaTeX. En este caso se recomienda el uso de TinyTeX (que está basado en TexLive), que se puede instalar con el siguiente comando desde la terminal:
quarto install tinytex
También se puede consultar el apartado de PDF Engines de la página oficial de Quarto para consultar los detalles de como instalar TinyTeX.
Sitios para aprender más sobre Quarto
Metadatos de autor o autores: https://quarto.org/docs/authoring/front-matter.html
Metadatos de formato de fechas: https://quarto.org/docs/reference/dates.html
Si está iniciando en Quarto y quieres adquirir los conocimientos básicos para generar un documento Quarto en HTML o PDF, revisa los sguientes tutoriales:
Página principal de Quarto
También puedes ¡explorar mucha, pero mucha información! para utilizar Quarto de una mejor manera en sus diferentes alternativas. 😎