Introducción a Quarto
para la docencia y la investigación

Instructores:

Este es un documento generado en Quarto

Autores/as
Afiliación

Abel Joseph Hernández-Martínez

Estudiante del Posgrado de Ciencias Forestales, Colegio de Postgraduados

Ricardo Martínez-Moshan

Estudiante del Posgrado de Ciencias Forestales, Colegio de Postgraduados

Fecha de publicación

jueves 13 noviembre 2025

Presentación

Acerca de mí …

M.C. Abel Joseph Hernández-Martínez

  • Estudiante de Doctorado
    Posgrado de Ciencias Forestales COLPOS, Campus Montecillo

  • Áreas de interés:

    • Silvicultura 🪵
    • Manejo Forestal 🌲

Acerca de mí …

M.C. Ricardo Martínez-Moshan

  • Estudiante de Doctorado
    Posgrado de Ciencias Forestales COLPOS, Campus Montecillo

  • Áreas de interés:

    • Biometría Forestal 🌳 + 📊
    • Estadística Aplicada 📈

¿Qué abordaremos en este curso? 💻

  • Estudiaremos qué es y cómo funciona Quarto ☺️

  • El uso de Quarto 📝

  • Generar nuestro primer documento Quarto 👩🏻‍💻

  • Elementos básicos de Markdown 📊

  • Establecer metadatos en el encabezado del YAML 💬

  • Una prueba rápida para generar un documento Quarto desde RStudio 📝

Descargar el material desde: https://github.com/JosephForest99/quarto_curso_TESVB_2025

Introducción a Quarto

¿Qué es Quarto?

Es un sistema de publicación científica y técnica de código abierto construido sobre Pandoc. En el cual se pueden crear documentos dinámicos, informes, presentaciones, libros, sitios web, entre otros.

  • A partir de un archivo de texto plano desarrollado con RStudio, VSCode, Positron o Jupiter y con las configuraciones necesarias la magia comienza.

  • Esta diseñado bajo el enfoque de reproducibilidad.

Ventajas de utilizar Quarto

En un solo documento puedes integrar texto narrativo con código y producir salidas en diferentes formatos.

Además, tiene la capacidad de trabajar con múltiples lenguajes de programación, principalmente con R, Python, Julia, Observable JS, entre otros.

Imagen de la presentación principal “Hello, Quarto! por Julia Lowndes y Mine Çetinkaya-Rundel, presentada en la Conferencia RStudio 2022. Ilustración por Allison Horst.

Ejemplo

¿Cómo trabaja Quarto?

Quarto es una interface de línea de comando (CLI por sus siglás en inglés), el cual renderiza formato de texto plano (.qmd, .rmd, .md) o mezcla de formatos (.ipynb) en documentos PDF, Word, HTML, presentaciones y más…

Imagen de la presentación principal “Hello, Quarto! por Julia Lowndes y Mine Çetinkaya-Rundel, presentada en la Conferencia RStudio 2022. Ilustración por Allison Horst.

El proceso del renderizado ….

En general, cuando se renderiza un documento Quarto, primero knitr ejecuta todos los chunks (bloques de código) y crea un nuevo documento markdown (.md), el cual incluye los códigos y sus salidas.

El .md generado después es procesado por pandoc y crea el formato final.

Imagen presentada en “Hello Quarto” por Mine Çetinkaya-Rundel.

¿Qué puedes hacer con Quarto?

Tipos de proyectos

Un proyecto Quarto es un directorio que proporcionan:

  • Una forma de renderizar todos o algunos de los archivos en un directorio con un solo comando, por ejemplo quarto render miproyecto.

  • Una forma de compartir la configuración de YAML en varios documentos.

  • La capacidad de redirigir artefactos de salida a otro directorio.

  • La capacidad de congelar la salida renderizada (es decir, no volver a ejecutar documentos a menos que hayan cambiado).

Algunos ejemplos:

  • Websites

  • Blogs

  • Books

Iniciando con Quarto

Importante

Tener instalado R y RStudio.

Instalación de R:
https://cran.r-project.org/

Instalación de RStudio: https://posit.co/downloads/

Otros entornos de desarrollo integrado (IDE por sus siglas en inglés) pueden ser útiles para generar documentos Quarto, por ejemplo, Positron, Visual Studio Code o Notebooks de Jupiter.

Para instalar y configurar algún IDE mencionado anteriormente, ingrese aquí

Instalación de Quarto

Descargar Quarto desde https://quarto.org/docs/get-started/.

Desde RStudio generar un proyecto

Tip

Cada que se inicie con un nuevo trabajo de investigación, informe o tarea, se recomienda generar un proyecto de RStudio. Esto facilitará la organización de los documentos Quarto que se generen o los scrips que se desarrollen durante su análisis.

Continuación ….

Seleccionar el tipo de proyecto que se va a generar, en este caso seleccionar New Project.

Después asignar un nombre al proyecto en Directory name y seleccionar la ruta del directorio en Create project as subdictory of.

Primeros pasos para realizar un documento Quarto

Primer documento Quarto (.qmd)

Después de generar el proyecto de Rstudio ya se puede generar el primer archivo Quarto.

!Listo! …. ya tenemos nuestro primer documento Quarto

Renderizar el documento Quarto

Usa el botón en RStudio para renderizar el archivo y previzualiza la salida.

Componentes de un .qmd

  1. Metadatos: YAML

  2. Texto: Markdown

  3. Código: Ejecutado vía knitr

Elementos básicos de Markdown

Encabezados

Para mayor información sobre Markdown visitar la página:
https://quarto.org/docs/authoring/markdown-basics.html

Texto, ligas e imágenes

Formato de texto:

italicas, negritas, negritas_italicas

*italicas*, **negritas**, ***negritas_italicas***


Links:

https://quarto.org

<https://quarto.org>

Quarto

[Quarto](https://quarto.org)

Imagen:

![](Imagenes/logo-rstudio.png)

Imagen con leyenda:

Leyenda de RStudio
![Leyenda de RStudio](Imagenes/logo-rstudio.png)

Tablas y ecuaciones

Tablas:

Right Left Default Center
12 12 12 12
123 123 123 123
1 1 1 1 


| Right | Left | Default | Center |
|------:|:-----|---------|:------:|
|   12  |  12  |    12   |    12  |
|  123  |  123 |   123   |   123  |
|    1  |    1 |     1   |     1  |

Ecuaciones:

Ecuación en línea \(y=\beta_0\times(1-\exp(-x\beta_1))^{\beta_2}\)

Ecuación en línea $y=\beta_0\times(1-\exp(-x\beta_1))^{\beta_2}$

Ecuación en bloque: \[y=\beta_0\times(1-\exp(-x\beta_1))^{\beta_2}\]

Ecuación en párrafo
$$y=\beta_0\times(1-\exp(-x\beta_1))^{\beta_2}$$

Bloques callout

Los callouts son una forma excelente para captar la atención de conceptos clave o para una mayor claridad de cierto contenido, i.e. tip, note, warning, important y caution.

Tip

Este es un .callout-tip

Advertencia

Este es un .callout-warning

:::{.callout-tip}
Este es un tip
:::
:::{.callout-warning}
Este es un warning


Aprende más sobre callouts aquí.

Referencias cruzadas

Las referencias cruzadas facilitan al lector para navegar en el documento mediante referencias numeradas con hipervínculos, como figuras, tablas o ecuaciones.

Imagen:

Figura 1: Mi imagen

Ver el bosque en la Figura 1.

![Mi imagen](Imagenes/forestal-1.png){#fig-bosque}
Ver el bosque en la @fig-bosque.

Imagen de un código R:

plot(x = 1:10, y = (1:10)**2)
Figura 2

Ver el gráfico en la Figura 2.

```{{r}}
#| label: "fig-codr"
#| fig-height: 3

plot(x = 1:10, y = (1:10)**2)
```

Ver el gráfico en la Figura 2.

Opciones de referencias cruzadas

Generalmente para indicar una referencia cruzada se utilizan prefijos reservados seguidos de un - y un nombre sin espacios y _, i.e., (#prefijo-nombre). Para acceder a las referencias se utiliza @ seguido del prefijo-nombre.

  1. Una sección
# Exploratory data analysis {#sec-eda}
  1. Figura
#| label: fig-grafica
#| fig-cap: "Gráfica de observaciones de diámetro vs altura"
  1. Tablas
#| label: tbl-resumen
#| tbl-cap: "Resumen estadístico de mediciones"
  1. Ecuaciones
$$ {#eq-mieq}
  1. Callouts
:::{#tip-ejemplo .callout-tip}
:::
Precaución

Cuidado al establecer una referencias a un callout, revisa aquí.

Aprende más sobre referencias cruzadas en:

Citas y referencias bibliográficas

Para generar citas y una sección de bibliográfia en el documento Quarto, es necesario configurar el YAML. Además es importante contar con un archivo BibLaTex o BibTex con extensión .bib.

Para establecer el estilo de citas bibliográficas es importante contar con un archivo .cls (Citation Style Language), el cual se descarga en: https://github.com/citation-style-language/styles.

Quarto utiliza el estilo de Chicago Manual por default.

Cómo citar en Markdown

En un documento científico generalmente se utilizan dos estilos de citas:

  • Parentético: Al final de la oración o frase. Por ejemplo, … (Hernández-Martínez & Martínez-Moshan, 2025)

  • Narrativo: Se introduce con una frase. Por ejemplo, Hernández-Martínez & Martínez-Moshan (2025) mencionan que …

Para agregar una cita en Markdown:

Parentético: Los modelos de crecimiento en árboles … (Cieszewski 2001; Pienaar y Turnbull 1973)

Los modelos de crecimiento en árboles ... [@cieszewski2001three; @pienaar1973chapman]

Narrativo: Cieszewski (2001) menciona que los modelos de crecimiento en árboles …

@cieszewski2001three menciona que los modelos de crecimiento en árboles ...


Aprende más sobre citas aquí.

Integrar videos

Video de YT (solo para formato html)

{{< video https://www.youtube.com/watch?v=CpYG1rBCVwQ&list=PLRsQ05ooxHsHVX6oDFINE7hgwD7cInCY- width="500" height="300" >}}

Publicación de LinkedIn

<iframe src="https://www.linkedin.com/embed/feed/update/urn:li:ugcPost:7355959904307687424?collapsed=1" height="300" width="500" frameborder="0" allowfullscreen="" title="Publicación integrada"></iframe>

Si quieres aprender más sobre como agregar videos a tus documentos html de Quarto, visita la siguiente página: https://quarto.org/docs/authoring/videos.html

Configuración del YAML

Metadatos básicos del YAML

Yet Another Markup Language - YAML (‘YAML no es un lenguaje de marcado’), se utiliza para proporcionar los metadatos a nivel de documento y se mantiene entre ---.

Ejemplo con metadatos básicos:

---
title: "Mi primer documento Quarto"
subtitle: "Subtitulo"
author: "Nombre del autor"
format: html
---

Ejemplo con metadatos anidados:

---
title: "Mi primer documento Quarto"
subtitle: "Subtitulo"
author: "Nombre del autor"
format:
  html:
    toc: true
---
Advertencia

Tener cuidado cuando se ingresan metadatos anidados. ¡Las sangrías son importantes! ⚠️

De acuerdo con tus objetivos es como configurarás tu YAML. Si quieres aprender más sobre esto ingresa aquí

YAML de Quarto Inteligente

En RStudio + VSCode + Positron proporcionan un autocompletado con TAB al comenzar una palabra y nuevamente TAB para completar. También con Ctrl + space se pueden ver todas las opciones disponibles.

Algunos metadatos

Existe una diversidad de metadatos que son útiles para configurar el YAML. El uso de estos metadatos puede cumplir diferentes propósitos.

---
title: "Mi primer documento Quarto"
subtitle: "Subtítulo"
author: 
  - name: "Nombre del autor"
    orcid: 0000-0000-0000-0000
    email: "correo@gmial.com"
    url: https://github.com
date: 11/13/2025
date-format: "dddd D MMMM YYYY"

format: 
  html:
    theme: darkly
    toc: true
    toc-depth: 4
    toc-location: left
    toc-title: "Contenido"
    toc-expand: 4
    number-sections: true
    number-depth: 4
    code-fold: show
    code-link: true
execute:
  eval: true
  echo: true
  warning: false
  error: false
lang: es
bibliography: bibliografia.bib
csl: apa.csl
editor: source
---

Establecer un tema para formato HTML

Los documentos HTML redenrizados con Quarto utiliza Bootstrap 5 por default. Sin embargo, esto se puede desactivar o personalizar a través de la opción theme dentro del YAML. Consulta los detalles aquí

theme: default # bootstrap 5 default
theme: cosmo   # tema cosmo bootswatch
theme: pandoc  # tratamiento html predeterminado de pandoc
theme: none    # Ningún theme css integrado al documento

Quarto incluye 25 temas del proyecto Bootswatch y pueden visualizarse en la siguiente liga: https://bootswatch.com/.

Quarto en formato en PDF

Para crear documentos PDF’s, es necesario instalar una distribución reciente de LaTeX. En este caso se recomienda el uso de TinyTeX (que está basado en TexLive), que se puede instalar con el siguiente comando desde la terminal:

quarto install tinytex

También se puede consultar el apartado de PDF Engines de la página oficial de Quarto para consultar los detalles de como instalar TinyTeX.

Sitios para aprender más sobre Quarto

Si está iniciando en Quarto y quieres adquirir los conocimientos básicos para generar un documento Quarto en HTML o PDF, revisa los sguientes tutoriales:

Página principal de Quarto

También puedes ¡explorar mucha, pero mucha información! para utilizar Quarto de una mejor manera en sus diferentes alternativas. 😎

¡Listo! Comencemos la diversión con RStudio ☺️ 💻

Bibliografía

Cieszewski, Chris J. 2001. «Three methods of deriving advanced dynamic site equations demonstrated on inland Douglas-fir site curves». Canadian Journal of Forest Research 31 (1): 165-73. https://doi.org/https://doi.org/10.1139/x00-132.
Pienaar, Leon V, y Kenneth J Turnbull. 1973. «The Chapman-Richards generalization of Von Bertalanffy’s growth model for basal area growth and yield in even-aged stands». Forest Science 19 (1): 2-22. https://doi.org/https://doi.org/10.1093/forestscience/19.1.2.